Грамматические основы 

Союзы 

Придаточные части выделены разными цветами

История Новгорода долгое время изучалась только по письменным источникам (,) среди которых были обширные летописные своды и житийная литература (,) и (,) хотя этот древнерусский город сохранил огромное число памятников зодчества и монументальной живописи (,) до рубежа XIX-XX веков их исследовали только искусствоведы вне контекста общего исторического течения. 

В предложении 4 грамматические основы: «история изучалась»; «своды, литература были»; «город сохранил»; «исследовали искусствоведы». 

Запятые в цифрах 1 и 2 ставятся, так как выделяют придаточную часть с «КОТОРЫХ»: по письменным источникам (каким?), среди которых были обширные летописные своды и житийная литература.

Запятая в цифре 2 разделяет две грамматические основы, которые соединены сочинительным союзом «И»: «история изучалась»; «исследовали искусствоведы» (сложносочинённое предложение). 

Запятая в цифре 3 (на стыке союзов «И», «ХОТЯ») ставится, так как далее есть свободное предложение, куда можно перенести первый союз из пары – «И» («и до рубежа XIX-XX веков их исследовали только искусствоведы вне контекста общего исторического течения»). 

Запятые в цифрах 3 и 4 ставятся, так как выделяют придаточную часть с «ХОТЯ»: исследовали только искусствоведы вне контекста общего исторического течения (несмотря на что?), хотя этот древнерусский город сохранил огромное число памятников зодчества и монументальной живописи.