Грамматические основы 

Союзы 

Придаточные части выделены разными цветами

Термин «излучение» не означает (,) что эти лучи имеют чисто электромагнитную природу (,) этот термин использовали при открытии явления (,) природа которого ещё не была известна (,) и (,) хотя вскоре выяснилось (,) что основным компонентом космических лучей являются ускоренные заряженные частицы «протоны» (,) термин сохранился. 

В предложении 7 грамматических основ: «термин не означает»; «лучи имеют»; «использовали»; «природа не была известна»; «выяснилось»; «частицы являются компонентом»; «термин сохранился».

Запятые в цифрах 1 и 2 выделяют придаточную часть с «ЧТО»: не означает (чего именно?), что эти лучи имеют чисто электромагнитную природу.

Запятые в цифрах 3 и 4 выделяют придаточную часть с «КОТОРОГО»: при открытии явления (какого?), природа которого ещё не была известна.

На стыке союзов «И», «ХОТЯ» (в цифре 5) запятая ставится, так как далее есть свободное предложение (без союза), куда можно перенести первый союз из пары – «И» («и термин сохранился»).

Запятые в цифрах 5 и 6 выделяют придаточную часть с «ХОТЯ»: термин сохранился (несмотря на что? вопреки чему?), хотя вскоре выяснилось.

Запятые в цифрах 6 и 7 выделяют придаточную часть с «ЧТО»: выяснилось (что именно?), что основным компонентом космических лучей являются ускоренные заряженные частицы «протоны».