Грамматические основы 

Союзы 

Придаточные части выделены разными цветами

На улице было так морозно (,) что воздух казался колючим (,) так что (,) хоть мы и останавливались в кофейнях (,) которые встретились нам по пути (5) и в одной из (6) которых готовят лучший в городе кофе (,) мы с трудом дошли до центра. 

В предложении 6 грамматических основ: «было морозно»; «воздух казался колючим»; «мы останавливались»; «которые встретились»; «готовят»; «мы дошли».

Запятая в цифре 1 выделяет придаточную часть с «ЧТО»: так морозно (как? насколько?), что воздух казался колючим.

Запятая в цифре 2 выделяет придаточную часть с «ТАК ЧТО»: воздух казался колючим (что из этого следует?), так что мы с трудом дошли до центра.

Запятая в цифре 3 (на стыке союзов «ТАК ЧТО», «ХОТЬ И») ставится, так как далее есть свободное предложение, куда можно перенести первый союз из пары – «ТАК ЧТО» («так что мы с трудом дошли до центра»).

Запятые в цифрах 3 и 4 выделяют придаточную часть с «ХОТЬ И»: мы с трудом дошли до центра (несмотря на что?), хоть мы и останавливались в кофейнях.

Запятые в цифрах 4 и 7 выделяют однородные придаточные части, присоединённые к главной при помощи «КОТОРЫЕ», «КОТОРЫХ»: в кофейнях (каких?), которые встретились нам по пути и (каких?) в одной из которых готовят лучший в городе кофе.

Запятая в цифре 5 не ставится, так как нет условий: союз «И» соединяет однородные придаточные, поэтому запятая между ними не нужна.

Запятая в цифре 6 не ставится, так как нет условий (союзное слово «который» часто стоит не сразу после запятой).