Грамматические основы 

Союзы
Придаточная часть выделена цветом

Собаку слишком часто кормили (,) и (,) хотя пища была качественной (,) через какое-то время ей всё равно потребовалась помощь ветеринара.

В предложении три грамматические основы: «кормили»; «пища была качественной»; «потребовалась помощь».

Запятая в цифре 1 ставится, так как предложение закончилось и больше нигде не продолжается; сочинительный союз «И» соединяет две грамматические основы: «кормили», «потребовалась помощь».

Запятая в цифре 2 (на стыке союзов «И», «ХОТЯ») ставится, так как далее есть свободное предложение, куда можно перенести первый союз из пары – «И» («и через какое-то время ей всё равно потребовалась помощь ветеринара»). 

Запятые в цифрах 2 и 3 выделяют придаточную часть с «ХОТЯ»: потребовалась помощь ветеринара (вопреки чему? несмотря на что?), хотя пища была качественной.