Грамматические основы 

Союзы

Придаточные части выделены разными цветами

Лицо дореволюционной России определялось (1) теми сотнями тысяч церквей и колоколен (,) что были расставлены по всем её просторам на возвышенных преимущественно местах (,) которые определяли силуэт каждого города – от самого большого до самого маленького.

РЕШЕНИЕ:

В предложении 3 грамматические основы: лицо определялось; что были расставлены; которые определяли.

Запятая в цифре 1 не ставится, так как нет условий.

Запятая в цифре 2 выделяет придаточное определительное, присоединенное союзным словом «что» (относится к однородным дополнениям «сотнями тысяч церквей и колоколен»).

Запятая в цифре 3 выделяет придаточное определительное, присоединенное союзным словом «которые» (относится к слову «местах»).